No ano 2000d.c., um grande meteoro cai na Terra, mais precisamente na Antártida, muitas pessoas acabam morrendo. Esse desastre foi chamado de Segundo Impacto (o Primeiro Impacto foi quando um meteoro caiu no golfo do México, supostamente matando os dinossauros). Mas a verdade foi encoberta, e não se tratava de um meteoro, e sim do primeiro anjo, Adão. A história se passa no ano de 2015d.c., quando os outros "anjos", que são entidades desconhecidas, começam a atacar Tókio 3, e assim surge a corporação NERV que utilizando de alta tecnologia cria robôs chamados EVA e com a escolha de três crianças destinadas(um menino e duas meninas) que controlam os EVA´s com sua própria vida(os EVA´s obedecem os comandos das crianças que ficam dentro deles, é como se interagissem pelos pensamentos delas).