Misaki Suzuhara era normal como qualquer outra garota de sua idade, que teve que viajar de trem para Tóquio, afim de morar com sua tia. Logo que chega na cidade grande se perde na estação de trem. Enquanto tenta descobrir onde está, observa uma luta entre duas pessoas que passa em um telão. Ao perguntar para uma criança do que se trata aquela batalha, a criança pergunta:"Você nunca ouviu falar das Angelic Layers?". Descobre então que aquelas duas pessoas, uma muito pequena e a outra muito grande, na verdade são bonecas. Inicia-se assim seu contato com o mundo das bonecas lutadoras, o mundo de Angelic Layer. Misaki percebe que apesar de aparentar fragilidade, a boneca menor vence a luta. Ela fica muito empolgada com a luta e decide possuir uma boneca daquelas. Um homem surge e conta a ele sobre as bonecas, que elas são muito caras e que precisam ser construídas pelo seu próprio dono. Esse homem é Iccan-san, que ajuda Misaki na compra de todos os acessórios para montar a boneca. Assim nasce a boneca Hikaru. Misaki embarca então nas mais diversas aventuras para torna-se uma respeitada estrela.